STRATEGIE IDENTYFIKACJI
BAKTERYJNYCH CZYNNIKÓW WIRULENCJI
Adrianna Raczkowska*, Mariusz Żak, Katarzyna Brzostek
Zakład Mikrobiologii Stosowanej, Instytut Mikrobiologii, Wydział Biologii, Uniwersytet Warszawski ul. Miecznikowa 1, 02-096 Warszawa,
tel. (022) 5541310, * e-mail: araczko@biol.uw.edu.pl
Wpłynęło w czerwcu 2005 r.
1. Wstęp. 2. Metody biochemicznc w poszukiwaniu i charakterystyce bakteryjnych czynników wirulencji. 2.1. Metoda chemicznej modyfikacji. 2.2. Metoda zymografii. 2.3. Metoda tworzenia kompleksu receptor/ligand. 2.4. Metoda immunologiczna. 2.5. Metoda hybrydyzacji odejmowanej. 2.6. Metoda prezentacji zróżnicowań. 3. Genetyczne innowacje uzupełniające klasyczne, biochemiczne metody. 3.1. Prezentacja na fagu. 3.2. System dwuhybrydowy. 4. Metody identyfikacji genów wirulencji aktywnych
in vivo. 4.1. Technologia ekspresji genów in vivo. 4.2. Metoda fluorescencyjna indukcji zróżnicowań. 4.3. Metoda mutagenizacji z zastosowaniem tzw. ,,etykietki". 4.4. Metoda analizy i mapowania genomu
in vivo. 5. Podsumowanie
Strategies of identification of bacterial virulence factors
Abstract: Strategies to identify bacterial virulence factors are important tools in discovering the mechanisms of bacterial pathogenesis. Classical methods focus on the biochemical properties of the virulence proteins. However, modern identification strategies are more and more often a combination of biochemical, genetic and genomic techniques. The sequencing of next genomes of bacterial pathogens and biotechnological progress enable the development of new methods, such as DNA chip and microarray technologies, IVET, STM or GAMBIT strategy, which will facilitate the identification of virulence factors. It is likely that many of the genes that are involved in pathogenicity will soon be discovered, thus elucidating the actual functions of bacterial virulence factors during infection of the human host.
1. Introduction. 2. Biochemical methods in searching and characterizing of bacterial virulence factors. 2.1. Chemical modification screens. 2.2. Zymography. 2.3. Receptor/ligand affinity screens. 2.4. Immunological methods. 2.5. Subtractive hybridization. 2.6. Differential display. 3. Classical, biochemical methods combined with genetic screens. 3.1. Phage display. 3.2. Two-hybrid system. 4. Methods for identification of virulence genes activated
in vivo. 4.1. In vivo expression technology. 4.2. Differential fluorescence induction. 4.3. Signature-tagged mutagenesis. 4.4. Genomic analysis and mapping by
in vitro transposition. 5. Summary
Słowa kluczowe: czynniki wirulencji, GAMBIT, IVET, metoda ,,ReTagging",
SSH
Key words:
virulence factors, GAMBIT, IVET, "ReTagging" method, SSH
|
